Marmaray'a yapılan sessiz zamların Ulaştırma Bakanlığı'nca yapıldığı iddia edilmiş ve vatandaşlar zamlara karşı tepki göstermişti. Konuyla ilgili yazılı açıklama yapan Ulaştırma Bakanlığı Marmaray'a yapılan yüzde 35' lik zammın kendi bünyelerinden kaynaklanmadığını belirterek İBB tarafından yapıldığını belirtti.